BioPerlのWebDBSeqI Request Error: 500 read timeout
BioPerlでデータベースからデータを取り出す際, 以下のようなエラーが出て失敗した.
MSG: WebDBSeqI Request Error:ダウンロードしようとしたデータが大きすぎてtime outしてしまったらしい. 以下のようにするとうまくいった.
500 read timeout
my $db = new Bio::DB::RefSeq(-retrievaltype => 'tempfile', -format => 'GenBank');
# Defaultでは180secなので長くする
$db->ua->timeout(1800);
$seqio = $db->get_Stream_by_acc($chr_acc);