skew その2 配列解析

GC skewとは実際のところ, じゃあ何か?

GC skew = (C-G)/(C+G)

http://www.genomicsplace.com/gc_skew/gc_skew.html

そもそもskewとは英語で, 非対称や歪曲を指す単語だ. 本来, 一本鎖DNAではG含量とC含量は等しくなるはずである(Chargaff's Rule of Base Pairing)が, そこからのずれをこのように指標化する.

では似たような単語であるGC contentとは何か?

GC percentage = (G+C) / (A+T+G+C) * 100
GC ratio = (G+C) / (A+T)

http://en.wikipedia.org/wiki/GC-content

このどちらかを指す.