ftpのURLからファイルをダウンロードする際に, proxyを通す方法がよくわからなかったので調べた.use strict; use LWP;my $proxy = 'http://proxy.dummy.co.jp:8080/'; my $url = 'ftp://foo.bar.co.jp/pack/00_index.txt';my $ua = new LWP::UserAgent(); $u…

Perlにおいて配列の長さは単に配列@arrayに対してscalar(@array)とすれば良い. つまり文脈がはっきりしていれば, そのまま@arrayで良い.一方で, $#arrayとしたときは配列の最大インデックスを返すので, 長さは($#array+1)となる.というわけで, 一見して気持…

MacOSXではデフォルトではrootにはなれない. Ubuntuと似ている. 代わりにsudoを管理者ユーザで使う.

Perlで多次元配列を実現するときにちょっと悩んだのでメモ. Perlでは配列に配列をpushしても多次元にはならない. extendになってしまう. 多次元配列(とりあえず行列)にしたいときは以下のようにする.push(@foo,[@bar]);

Perlの実行速度などをプロファイルする.1. perl -d:DProf foo.pl 2. dprofppdprofppは意外に時間がかかる. もしくは直接, dprfpp -p foo.plのようにしても良い. http://www.perl.com/pub/a/2004/06/25/profiling.html

BioPerlでデータベースからデータを取り出す際, 以下のようなエラーが出て失敗した.MSG: WebDBSeqI Request Error: 500 read timeoutダウンロードしようとしたデータが大きすぎてtime outしてしまったらしい. 以下のようにするとうまくいった.my $db = new B…

おそらくほとんど使わないだろうけれども。MacでR言語を使うときにproxyを経由させる方法。1. Sys.putenv("http_proxy"="http://xxxx.com:xxxx") 2. Sys.putenv("ftp_proxy"="http://xxxx.com:xxxx")以上。毎回設定するのが面倒な人は/Applications/StartR.a…

引き続きBioPerl. 関連モジュールを入れるためにCPANを使う.1. perl -e shell -MCPANとして, あとは適当に設定. 2. install Bundle::BioPerlなんだかCPANの設定でいくつか見つからないコマンドがあったが進めたので実行したが, ファイルを落とせずに固まった…

Windowsのことは知らないのでUbuntu6.10での話. Perlはあらかじめ5.8.8が入っていた.1. http://www.bioperl.org/へいってtar.gzをダウンロードして, 展開. 2. perl Makefile.PL 3. あとはmake, make test, make installといういつものパターン.最後まで行く…

以下のページの最後のセクション(t検定の手続き)に書いてある.http://kogolab.jp/elearn/hamburger/chap4/sec3.htmlそれぞれの標本集団について, 平均と不偏分散(分母がn-1)を求めるところからスタートです. ちなみに二つの標本集団のサンプル数が4(ちょっと…

Vmware PlayerでUbuntu Desktop仮想マシンを動かし、コンソールモードで起動するようにした上で、SambaでホストのWindowsとファイル共有、SSH接続を通してUbuntuの操作を行う。 Vmware:WindowsをホストにしてUbuntuをインストールするこのサイトに従えばイン…